Como aqui na empresa onde trabalho não se pode instalar softwares por questões de segurança, estava atrás de uma ferramenta que fosse Web para criação de fluxogramas e consegui encontrar essa aplicação totalmente Web o Best4c, que é um incrível aplicativo Web para a criação de fluxos, podendo-se criar desde mapas até fluxogramas (qualquer coisa que envolva diagramas e setas) com uma quantidade enorme de ferramentas e recursos. Sendo necessário apenas se registrar para te acesso a todas as funcionalidades do site.
Abaixo um vídeo demonstrativo da criação de um diagrama de fluxo:
